Sodelovanje pri vzpostavljanju enotnega informacijskega sistema in kakovosti je ena od temeljnih nalog Združenja. V ta namen na Združenju deluje tudi Komisija za informacijske sisteme, ki obravnava vprašanja s svojega področja in sprejema mnenja ter predlaga Upravnemu odboru in ostalim organom rešitve za odločitve o strokovnih vprašanjih na področju računalniško podprtega zdravstveno informacijskega sistema na aplikativni, medicinski, poslovni in komunikacijski ravni. Predstavniki Združenja so vključeni v projektne in delovne skupine na Ministrstvu za zdravje in ostalih institucijah, Združenje pa redno sodeluje ter podaja predloge in pripombe v vseh večjih projektih Ministrstva za zdravje, Zavoda za zdravstveno zavarovanje Slovenije in Nacionalnega inštituta za javno zdravje.