Notranji nadzor javnih financ (NNJF) obsega na enotnem sistemu zasnovano finančno poslovodenje, kontrole in notranje revidiranje, ki ga vzpostavi proračunski uporabnik, da s tem obvladuje poslovanje in zagotovi zakonito, gospodarno in učinkovito porabo javnih sredstev ter doseganje zastavljenih ciljev. Na tem področju v Združenju izvajamo tiste naloge, ki prispevajo k nenehnemu izboljševanju vseh elementov NNJF-a v javnih zdravstvenih zavodih oziroma k njihovem razvoju, skupaj z drugimi institucijami, ki so zadolžene za to pomembno področje (Ministrstvo za finance - Urad za nadzor proračuna, Ministrstvo za zdravje, Komisija za preprečevanje korupcije).